Informe de la Comisión para la Verdad y la Amistad en julio de 2008. Estableció que tanto partidarios de la autonomía como de la independencia cometieron flagrantes violaciones a los derechos humanos. Se sindica al ejército de Indonesia como una institución particularmente cómplice de la violencia y a otras instituciones de Indonesia como responsable de violaciones de derechos humanos.
Se entregó el Informe de la Comisión para la Acogida, la Verdad y la Reconciliación ante el parlamento y el primer ministro en noviembre de 2005. En este informe se estimó las víctimas de asesinato fue 18.600 y que el número de víctimas indirectas, muertas por enfermedad y hambre en el periodo fue de 84.200. A su vez entregó un extenso paquete de recomendaciones en temas de derechos humanos, reparación, organización política interna y en sus relaciones externas, especialmente en su problemática con Indonesia.